Figlia del re di Boemia Ottocaro I e di Costanza d’Ungheria, nacque a Praga nel 1211. All’età di otto anni fu promessa sposa a Enrico VII, figlio ed erede dell’imperatore Federico II di Svevia, e inviata alla corte di Vienna per ricevere una formazione adeguata ad una futura sovrana. Colpita dal messaggio di Francesco d’Assisi, con il sostegno di papa Gregorio IX nel 1225 ruppe il fidanzamento e tornò a Praga.
In quel periodo giungevano nella capitale boema i frati minori, grazie ai quali Agnese venne a conoscenza della forma di vita di Chiara e delle sorelle a San Damiano. Tra il 1232 ed il 1233 fondò l’ospedale di San Francesco per i poveri, affidandolo alla confraternita dei Crocigeri. Allo stesso tempo fondò il monastero di San Francesco per le “Sorelle Povere o Damianite”, ove lei stessa entrò l’11 giugno 1234, giorno di Pentecoste, divenendone abbadessa, ufficio che conservò fino alla sua morte, sopravvenuta il 2 marzo 1282.
Venne beatificata da Pio IX nel 1874 e canonizzata da Giovanni Paolo II nel 1989. La sua memoria liturgica ricorre il 2 marzo.